Záplavová území jsou vymezena ve výkresech č. 9 - Vodní hospodářství a odpady a č. 33 - Kategorie záplavových území.
Záplavová území se dělí na:
A) území určená k ochraně
A1) zajišťované městem pro Q2002 a pro Q100
A2) zajišťované individuálně pro Q2002 a pro Q100
B) území neprůtočná
C) území průtočná
D) aktivní zónu
V záplavovém území určeném k ochraně (A) na Vltavě a Berounce platí:
- mohou se umisťovat všechny stavby v souladu s využitím ve smyslu legendy schváleného územního plánu. Stavby však mohou být realizovány následně po realizaci ucelené části trvalých protipovodňových opatření v rozsahu stanoveném vodoprávním úřadem a zajištění mobilních protipovodňových opatření proti průtokům ve vodním toku, včetně zařízení proti zaplavení odpadními a srážkovými vodami;
- podmíněně přípustná je realizace staveb přípustných v záplavovém území určeném k ochraně provedená souběžně s realizací ucelené části protipovodňové ochrany v rozsahu stanoveném vodoprávním úřadem, pokud je ucelená část protipovodňové ochrany součástí povolované stavby;
- do doby realizace protipovodňových opatření podle písmene a) a b) je možné v území umísťovat stavby v souladu s podmínkami stanovenými pro kategorii neprůtočnou, respektive průtočnou.
V záplavovém území neprůtočném (B) na Vltavě a Berounce platí:
a) lze připustit pouze dostavbu stavebních mezer v souladu s využitím ve smyslu legendy schváleného územního plánu, pokud splňují omezení z odstavců (4) c) až d) a nezbytné doplňkové stavby pro zajištění provozu sportovišť, rekreačních ploch a ZOO;
b) mimo území přístavu jsou podmíněně přípustné krátkodobé deponie materiálu určeného k přímé nakládce na loď a na návaznou dopravu;
c) nesmí se umisťovat stavby pro bydlení a ubytování, školství, zdravotnictví a sociální péči, určené pro zaměstnávání osob s těžkým zdravotním postižením, stavby pro státní a městskou správu, pro integrovaný záchranný systém a civilní ochranu, archivy, depozitáře uměleckých děl, knihovny, skládky odpadu nebo jiného materiálu, stavby pro uskladnění látek ohrožujících životní prostředí, pracující s jaderným materiálem, pro živočišnou výrobu, stavby dočasné s výjimkou dočasných staveb zařízení staveniště pro stavby v tomto území povolené a časově omezené jejich dobou výstavby a stavby a plochy pro skladování potravin. Dále se nesmí umisťovat čerpací stanice pohonných hmot (s výjimkou čerpacích stanic, které slouží výhradně pro zásobování lodní dopravy pohonnými hmotami)16, stanice a nadzemní objekty metra, hromadné podzemní garáže, čistírny odpadních vod, veterinární kliniky, stavby pro výrobu, při níž vznikají nebo se používají látky znečišťující životní prostředí, zařízení k likvidaci odpadu, sběrné dvory, sklady a skládky rozpustných a snadno rozplavitelných materiálů, hřbitovy a plochy pro pohřbívání zvířat;
d) nesmí se provádět úpravy terénu způsobem zhoršujícím odtokové poměry.
V záplavovém území průtočném (C) na Vltavě a Berounce platí:
a) nesmí se umisťovat stavby ani dočasné s výjimkou staveb sloužících k údržbě vodních ploch nebo k provozním účelům správce vodních toků a ploch, stavby objektů a zařízení, jejichž provoz a využití jsou vázány na vodní plochy (jezy, vodní elektrárny, plavební komory, odběrné objekty a pod.), a staveb systému protipovodňové ochrany. Podmíněně lze umístit stavby přístavů, zařízení sloužících vodní dopravě, liniové stavby (komunikace, inženýrské sítě) a nezbytné doplňkové stavby pro zajištění provozu sportovišť, rekreačních ploch, ZOO a krátkodobé deponie materiálu určeného k přímé nakládce na loď a na návaznou dopravu;
b) dále je zakázáno provádět terénní úpravy a výsadby souvislých ploch nízké zeleně zhoršující odtok povrchových vod, těžit zeminu a nerosty způsobem zhoršujícím odtok povrchových vod, skladovat rozpustný a rozplavitelný materiál, předměty a látky ohrožující životní prostředí, zřizovat tábory, kempy a jiná dočasná zařízení, stavby a plochy pro skladování potravin.
V aktivní zóně (D) záplavového území jsou požadavky na umisťování staveb stanoveny zvláštními právními předpisy.
